學校設有檢驗系、藥學系、醫(yī)學系、基礎醫(yī)學系、公共部和思想政治理論課部等6個系（部）和1個藥物研究所，開設有醫(yī)學檢驗技術、藥學、護理、臨床醫(yī)學、中藥、衛(wèi)生檢驗與檢疫技術、醫(yī)學生物技術、公共衛(wèi)生管理、藥物分析技術、藥品經營與管理、醫(yī)學檢驗技術（病理檢驗技術方向）、醫(yī)學檢驗技術（輸血技術方向）、康復治療技術、醫(yī)療保險實務、醫(yī)學文秘等15個專業(yè)和專業(yè)方向。2013年申報了口腔醫(yī)學、醫(yī)學影像技術、口腔醫(yī)學技術等專業(yè)，迎接省教育廳和教育部的評估。建有中央財政支持的實訓基地1個，中央財政支持提升專業(yè)服務產業(yè)能力建設項目1個，省財政支持提升專業(yè)服務產業(yè)能力建設項目1個，省級示范實習實訓基地7個，省級特色專業(yè)建設點2個，省級教學團隊2個，省級精品課程1門，省級高等學校優(yōu)秀教材4門，省級“十二五”規(guī)劃教材5門。校外實習實訓基地133個。
2003年4月，學校將教務處的全日制招生錄取工作，政教處的畢業(yè)實習安排及管理、畢業(yè)生就業(yè)推薦等職能工作合并成立了招生就業(yè)辦公室。2004年9月，學校成功申報設立了“云南省第202職業(yè)技能鑒定所”，取得了藥物制劑工、醫(yī)療臨床輔助服務員、醫(yī)藥商品購銷員、藥房輔助員、藥物檢驗工等15個工種的鑒定資格，并由招生就業(yè)辦公室承擔學校職業(yè)技能鑒定職能。2006年初，學校將職業(yè)技能鑒定職能劃歸教務處。2006年2月，學校升格為楚雄醫(yī)藥高等?？茖W校，招生就業(yè)辦公室也更名為招生就業(yè)工作處，屬學校中層行政職能部門。2008年學校涉外合作聯(lián)絡的工作職能交由招生就業(yè)工作處負責。2014年5月，學校將學生校外實習管理工作職能劃歸教務處負責。2014年11月，學校黨委調整充實內部機構設置，將對外交流合作處和職業(yè)技能培訓鑒定中心掛靠招生就業(yè)工作處。
楚雄醫(yī)藥高等?？茖W校 學生樓
