云南農業(yè)職業(yè)技術學院下設農學與園藝技術學院、畜牧獸醫(yī)學院、食品藥品與大健康學院、工程學院、互聯(lián)網技術學院、經濟管理學院、思想政治理論課教學科研部、公共基礎部和體育工作部共六院三部。
云南農業(yè)職業(yè)技術學院現(xiàn)有教職工541人，其中教授29人、副教授106人，云嶺名師1人，占專任教師的54.22%；博士研究生7人、碩士研究生163人，占專任教師的68.27%；“雙師素質”教師186人、占專任教師的74.70%，其中98位教師擁有農業(yè)行業(yè)職業(yè)技能鑒定考評員資格，省級教學名師3名；省級以上教育教學改革成果101項，其中，國家級15項；國家專利107項，農業(yè)農村部申報新品種10項。獲省級以上表彰獎勵46項，其中科技進步獎3項。
云南農業(yè)職業(yè)技術學院開設專業(yè)49個，在籍學生10913人。其中，畜牧獸醫(yī)、園藝技術、工程造價3個專業(yè)被教育部認定為國家級骨干專業(yè)，畜牧獸醫(yī)、園藝技術、工程造價、作物生產技術、中草藥栽培技術、農產品加工與質量檢測、財務管理7個專業(yè)為省級骨干專業(yè)。
云南農業(yè)職業(yè)技術學院現(xiàn)有茭菱校區(qū)、小哨校區(qū)、馬龍校區(qū)(云南山地牧業(yè)科技示范園)，校園占地面積超過1萬畝。小哨校區(qū)擁有700余畝的實習農牧場，馬龍校區(qū)擁有8000余畝的實訓基地。目前，擁有校內實訓基地76個，實驗實訓室126個，校外實訓基地188個。