新疆農業(yè)大學本科專業(yè)有51個：農業(yè)水利工程、交通運輸、交通工程、農業(yè)電氣化與自動化、農業(yè)建筑環(huán)境與能源工程、農業(yè)機械化及其自動化、機械設計制造及其自動化、電氣工程及其自動化、食品科學與工程、藥學、包裝工程、計算機科學與技術、土木工程、水利水電工程、設施農業(yè)與工程、動物科學、公共事業(yè)管理、數學與應用數學、森林資源保護與游憩、土地資源管理、環(huán)境科學、農業(yè)資源與環(huán)境、農林經濟管理、動物醫(yī)學、農學、生態(tài)學、工程管理、設施農業(yè)科學與工程、植物保護、法學、中國少數民族語言文學、種子科學與工程、應用化學、漢語言、草業(yè)科學、資源環(huán)境與城市規(guī)劃管理、國際經濟與貿易、園林、英語、電子信息科學與技術、經濟學、地理信息系統(tǒng)、水產養(yǎng)殖學、中國語言文化、信息管理與信息系統(tǒng)、生物技術、市場營銷、林學、人力資源管理、園藝、旅游管理。
新疆農業(yè)大學其他專業(yè)有8個：資源環(huán)境與城鄉(xiāng)規(guī)劃管理、物聯(lián)網工程、水土保持與荒漠化防治、動物藥學、房地產經營管理、會計學、水文與水資源工程、食品質量與安全。