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北京交通大學科研力量雄厚，產(chǎn)學研合作日益增強。學校的科學研究領域不斷拓寬，在科研及產(chǎn)業(yè)化方面均取得了可喜成績。學?，F(xiàn)有38個研究所和研究中心及41個實驗室；擁有教學、科研儀器設備固定資產(chǎn)5.23億元。學校圖書館藏書138.6萬冊，有縮微、聲像、光盤等各種影像、電子圖書資料33萬冊，有中文數(shù)據(jù)庫18種22個，西文數(shù)據(jù)庫22種33個，網(wǎng)絡資源等累計195萬余冊，學位論文全文118萬余篇。建成鐵路交通運輸特色數(shù)據(jù)庫，有設備完善和技術(shù)先進的電子閱覽室和音像室。
國家（級）重點實驗室（研究機構(gòu)）（10個）
軌道交通控制與安全國家重點實驗室
下一代互聯(lián)網(wǎng)互聯(lián)設備國家工程實驗室
高速鐵路系統(tǒng)試驗國家工程實驗室
軌道交通運行控制系統(tǒng)國家工程研究中心
風力發(fā)電國家工程技術(shù)研究中心北京分中心
電磁兼容國家認證實驗室（3C認證）

結(jié)構(gòu)強度檢測國家認證實驗室（3C認證）
網(wǎng)絡管理國家認證實驗室（3C認證）
國家大學科技園
國家軟件示范學院
省部級重點實驗室（24個）
全光網(wǎng)絡與現(xiàn)代通信網(wǎng)教育部重點實驗室
發(fā)光與光信息技術(shù)教育部重點實驗室
城市交通復雜系統(tǒng)理論與技術(shù)教育部重點實驗室
載運工具先進制造與測控技術(shù)教育部重點實驗室（軍工）
城市地下工程教育部重點實驗室
隧道與地下工程教育部工程研究中心
電力牽引教育部工程研究中心
高速鐵路網(wǎng)絡管理教育部工程研究中心
軌道車輛結(jié)構(gòu)可靠性與運用檢測技術(shù)教育部工程研究中心
城市軌道交通CBTC系統(tǒng)北京市高等學校工程研究中心
教育部行業(yè)特色研究型大學發(fā)展戰(zhàn)略研究中心（教育部戰(zhàn)略研究基地）
鐵路基礎數(shù)據(jù)整合及信息服務平臺（教育部科技基礎資源數(shù)據(jù)平臺）

城市軌道交通自動化與控制北京市重點實驗室
現(xiàn)代信息科學與網(wǎng)絡技術(shù)北京市重點實驗室
物流管理與技術(shù)北京市重點實驗室
通信與信息系統(tǒng)北京市重點實驗室
運輸自動化與通信鐵道部重點實驗室
鐵路信息科學與工程鐵道部重點實驗室
信息存儲、顯示與材料鐵道部重點實驗室
光纖技術(shù)及鐵路應用鐵道部重點實驗室
交通運輸智能技術(shù)與系統(tǒng)鐵道部重點實驗室
北京交通發(fā)展研究基地(北京市教委、市哲社辦)
首都大學生思想政治教育研究中心(北京市委教育工委、北京市教委)
城市交通北京技術(shù)轉(zhuǎn)移中心(北京市教委、市工促局)
國家權(quán)威研究（院）中心（4個）
中國產(chǎn)業(yè)安全研究中心
中國兼并重組研究中心
中國企業(yè)競爭力研究中心
中國交通運輸價格研究中心
中國現(xiàn)代軌道交通科學與技術(shù)研究院

下設五個研究中心：
中國高速鐵路研究中心
中國城市軌道交通研究中心
中國磁懸浮研究中心
中國管軌交通研究中心
中國綜合交通研究中心
教育部創(chuàng)新團隊（3個）
未來互聯(lián)網(wǎng)絡體系研究教育部創(chuàng)新團隊
列車運行組織及控制的基礎理論與方法教育部創(chuàng)新團隊
面向高速鐵路控制的無線移動通信系統(tǒng)研究教育部創(chuàng)新團隊
學校承擔了包括國家高新技術(shù)“863”計劃、國家發(fā)改委、科技部科技支撐項目、國家自然科學基金及國家社科基金項目在內(nèi)的各類科研課題4000余項。2006年以來3項主持項目獲國家“973”立項。2008年1項主持項目獲國家社科基金重大項目立項。2009年“雙主持”項目“復雜與高速條件下車載信號安全控制系統(tǒng)關鍵技術(shù)及應用”獲國家科技進步獎二等獎。學校建立了GSM-R技術(shù)實驗室，主要進行中國鐵路新一代移動通信的調(diào)度指揮和無線傳輸?shù)?，研究成果應用于大秦線、膠濟線與青藏鐵路，填補了中國鐵路無線通信技術(shù)的空白?！盎谕ㄐ诺牧熊囘\行控制系統(tǒng)（CBTC）”取得關鍵技術(shù)研究的突破，具有完全自主知識產(chǎn)權(quán)，并將用于亦莊城軌線。2006年，該?！按蟪鞘薪煌〒矶缕款i的基礎科學問題研究”、“一體化可信網(wǎng)絡與普式服務體系下的基礎理論研究”兩項主持項目獲國家“973”項目立項。以我校土建學院張頂立教授為首席科學家組織申報的國家重點基礎研究發(fā)展計劃（“973”計劃）項目《城市地下工程安全性的基礎理論研究》經(jīng)過函評、復評、綜合評審等三輪專家評審后獲得批準立項，于2010年1月正式啟動。
學校注重發(fā)揮鐵路科研的優(yōu)勢和特色，堅持圍繞鐵路現(xiàn)代化建設及跨越式發(fā)展需要開展科技工作。學校承擔的科研項目在鐵路系統(tǒng)所占的份額一直保持著全國高校的領先位置。在國家“十五”重大工程----青藏鐵路建設、高速鐵路建設、全國鐵路六次大提速等相關科研工作中做出了重要貢獻，包括“青藏鐵路通訊信號方案”、“青藏鐵路特殊運輸組織模式研究”、青藏鐵路信息化規(guī)劃、建設管理信息系統(tǒng)和“機車隨車牽引實驗系統(tǒng)裝置”等科研項目；研制的微機聯(lián)鎖系統(tǒng)、機車主體化信號設備等在中國鐵路推廣，為確保鐵路行車安全和提高效率提供強有力技術(shù)保障。全面參與高速鐵路建設工作，組織校內(nèi)相關學院20多名教授全程參與高速鐵路六大系統(tǒng)招標文件編寫與引進談判工作，成立了市部級交通產(chǎn)業(yè)研究基地，牽頭完成了“客運專線營運管理體制”等的研究，為鐵路跨越式發(fā)展提供理論支持、技術(shù)支持、人才支持。
科研經(jīng)費逐年大幅增加，“十五”期間科研合同經(jīng)費較“九五”期間增長了150%，縱向項目經(jīng)費比例超過50%；三大檢索數(shù)同期增長197%，2006年在全國高校SCI排名第39位，EI第35位，ISTP第11位。2005年，國家自然基金委和鐵道部設立了“鐵道聯(lián)合基金”，北京市在該校設立了“北京市城市交通技術(shù)轉(zhuǎn)移中心”和“北京交通發(fā)展研究基地”人文社科基地。近幾年來，該?！笆澜绲谝桓咚怼嗖罔F路多年凍土帶風火山隧道施工技術(shù)”、“計算機信息安全防護技術(shù)”研究等3項項目成果獲得國家科技進步二等獎；“無水砂卵石地層盾構(gòu)施工關鍵技術(shù)研究”和由該校主持完成、擁有自主知識產(chǎn)權(quán)的BJTU IPV6無線/移動路由器獲得北京市科學技術(shù)獎一等獎；IPV6無線/移動路由器還被列入2006年國家產(chǎn)業(yè)化項目；“基于通信城軌列車控制系統(tǒng)（CBTC）”取得關鍵技術(shù)研究的突破，填補了國內(nèi)空白，形成了國內(nèi)首例具有自主知識產(chǎn)權(quán)的“基于通信的列車運行控制系統(tǒng)”，已經(jīng)在北京亦莊城軌線采用該系統(tǒng)。主持或參與北京奧運相關項目40余項。“北京交通發(fā)展研究報告”為北京市政府綜合交通科學決策提供依據(jù)和參考。學校加強了與地方、鐵路企業(yè)間長期、穩(wěn)定的產(chǎn)學研合作關系。2005年聯(lián)合國科教文組織在中國設立的“高等工科教育與產(chǎn)業(yè)合作教席”設在該校。市委教育工委、市教委依托該校建立了大學生思想政治教育研究的專門機構(gòu)--首都大學生思想政治教育研究中心。一年一度的“北京·中國交通論壇”已形成獨特的“品牌”。北京交通大學科技園2001年成為北京市市級大學科技園以來，在軌道交通產(chǎn)學研領域取得了明顯成果。