學(xué)校創(chuàng)辦于1938年，前身是國立云南大學(xué)農(nóng)學(xué)院，建址昆明市呈貢縣，1958年獨(dú)立建成昆明農(nóng)林學(xué)院，遷址昆明北郊黑龍?zhí)叮?962年滇南大學(xué)、滇西大學(xué)并入昆明農(nóng)林學(xué)院，1969年搬遷至大理州賓川縣，1970年遷至原曲靖地區(qū)尋甸縣，1971年與云南農(nóng)業(yè)勞動(dòng)大學(xué)合并成立云南農(nóng)業(yè)大學(xué)，1980年搬回昆明北郊黑龍?zhí)丁?983年成為碩士學(xué)位授權(quán)單位，1993年列為云南省屬重點(diǎn)大學(xué)，2003年成為博士學(xué)位授權(quán)單位，2007年設(shè)立博士后科研流動(dòng)站。2008年教育部本科教學(xué)評(píng)估為優(yōu)秀，2009年、2013年、2014年省委省政府依托學(xué)校教育管理資源分別創(chuàng)辦了云南農(nóng)村干部學(xué)院、云南省食品安全管理學(xué)院、云南省高原特色農(nóng)業(yè)產(chǎn)業(yè)研究院。2013年，經(jīng)科技部、教育部審核批準(zhǔn)建設(shè)云南農(nóng)業(yè)大學(xué)新農(nóng)村發(fā)展研究院。