學校創(chuàng)辦于1938年，前身是國立云南大學農學院，建址昆明市呈貢縣，1958年獨立建成昆明農林學院，遷址昆明北郊黑龍?zhí)叮?962年滇南大學、滇西大學并入昆明農林學院，1969年搬遷至大理州賓川縣，1970年遷至原曲靖地區(qū)尋甸縣，1971年與云南農業(yè)勞動大學合并成立云南農業(yè)大學，1980年搬回昆明北郊黑龍?zhí)丁?983年成為碩士學位授權單位，1993年列為云南省屬重點大學，2003年成為博士學位授權單位，2007年設立博士后科研流動站。2008年教育部本科教學評估為優(yōu)秀，2009年、2013年、2014年省委省政府依托學校教育管理資源分別創(chuàng)辦了云南農村干部學院、云南省食品安全管理學院、云南省高原特色農業(yè)產業(yè)研究院。2013年，經科技部、教育部審核批準建設云南農業(yè)大學新農村發(fā)展研究院。