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南洋公學創(chuàng)立后，如同當時的政府變遷一樣幾經(jīng)易名，甚至曾一度叫上海工業(yè)專門學校，直到上世紀十年代后期才有了個比較亮響的名字——南洋公學。
可是好景不長，二十年代后，國民黨政府為了加強交通建設和教育，把當時上海工業(yè)專門學校、唐山工業(yè)專門學校（即現(xiàn)西南交通大學的前身）、北平郵政學校（即現(xiàn)北京交通大學的前身）、聯(lián)合起來成立了國立交通大學，歸交通部管轄。本部設在上海，依次稱第一、第二、第三交通大學，后兩所后來又稱交通大學唐山工學院和北平工學院。
最早在南洋公學時期，交大是具有很好的人文教育基礎的。學校設立了一個南洋公學特班，班主任是時任教育總長的中華民國元勛蔡元培。該班培養(yǎng)了不少人很有名氣的人文藝術方面的人才，撼動中國近代書畫藝術文化的李叔同（弘一法師）就是其中之一。

當時中國大多文藝名流都來交大進修，如同今天的上海交大的中歐國際工商管理學院一樣。當初在上海失意落魄的蔡鍔將軍在紅顏知己小鳳仙的勸說下也來到南洋公學修讀并得到了學位證書。
而在南洋大學時期，學校的人文氣氛在中國大學界可謂是空前強盛。因為時任校長的唐文治是前清翰林進士，當時國內(nèi)鼎鼎有名的國學大師。并且，唐文治校長在任期間，為日后交大的飛躍做出了杰出的貢獻。唐文治校長的“發(fā)展工科和管理科”的治校理念，直接影響到后來交大的發(fā)展趨勢。唐校長還提出了一直被交大人秉為“真理”的“第一等人才觀”，成為歷代交大人的最高追求目標。
到了交通大學時期，因為對于理工管理科的強化教育，文科基本消失殆盡。有名的校友鄒韜奮，在交大讀土木時由于交大理工科要求嚴格，讀得半夜吐血，讀不下去，只好轉學到圣約翰大學去攻讀新聞學了。交大當時教學用的全是麻省理工學院的原版教材，被世人敬稱為“東方的MIT”。交大校友，中國最偉大的科學家錢學森到美國麻省理工學院攻讀博士時，在與母校交通大學的教授通信時，激動地說道，這里的教材都是我原來在交通大學的上課講義，原來交通大學把MIT搬到了中國。

交大除了理工科外，三四十年代逐漸興辦了管理學院，成為中國第一個開辦財會、管理等專業(yè)的大學，解放后被院系調(diào)整，為加強復旦大學、上海財經(jīng)大學的實力而調(diào)離合并。當時交大在人文方面的大師級人物、中國近代傳記文學始祖的朱東潤教授也被分配復旦大學。
因為叫交通大學，唐文治校長確定校慶的時候，取自交通是為了“四通八達”的意思。
一個大學的發(fā)展與學校的領導緊密相關，一個好校長往往標志著學校發(fā)展的里程牌。北大有蔡元培、蔣夢麟、傅斯年；清華有梅貽琦、蔣南翔；浙大有竺可楨，路甬祥，潘云鶴；在交大歷史眾多校長中，對交大發(fā)展起過重要作用的有盛宣懷、唐文治、葉恭綽、黎照寰、凌鴻勛、彭康、鄧旭初。
交大一直以來的辦學思路是建成東方的MIT，當時的交大的老師大部分是留美博士，水平非常高，如機械系朱物華，冶金系周志宏是哈佛大學博士，數(shù)學系張鐘俊是麻省理工學院博士，還有凌鴻勛，鐘兆琳，王之卓等，不勝枚舉。

當年的國立交通大學用的大都是麻省理工學院的原版教材，要求非常嚴格，有硬性的不及格率，能進交大都是千里挑一。錢學森去美國麻省理工學院時，發(fā)現(xiàn)許多東西跟在交大學的一模一樣，要求免修得到批準；茅以升從交大唐山工學院畢業(yè)去美國康奈爾大學時，由于學習特別優(yōu)秀，名列第一，校方?jīng)Q定從此對中國交通大學的留學生免試入學；王安去哈佛時，由于抗戰(zhàn)沒有帶交大畢業(yè)證書和成績單，哈佛大學知道是交大畢業(yè)的，決定破格錄取。因為之前去哈佛的交大學生都非常優(yōu)秀，交大當時不僅在美國而且在全世界都是極具知名度的。
由于二三十年代交大名校長治校有方，交大在國內(nèi)享有盛譽，成為有志于工程的學子的最高學府。在抗戰(zhàn)前交大達到了歷史上最輝煌的頂點。交大則是專注工程、管理類，是工程方面的最高學府。當時交大南有交通大學上海本部，擅長機電類；北有交大唐山工學院，執(zhí)全國土木之牛耳，交相輝映。
返回上海后交大逐漸恢復元氣。在四年內(nèi)戰(zhàn)中交大基本沒有受太大影響，但交大學生也不再耽于書本，開始積極參加政治運動，用血的代價鑄就了當時上海的“紅色堡壘”。當時交大學生具有較強的政治意識，不少當時學生后來也因此成為了政治活動家，比如江澤民、汪道涵、丁關根等。解放戰(zhàn)爭后期，國民黨敗局已定，開始把交大的一些名教授帶去臺灣，如凌鴻勛、李熙謀等，正是他們后來在臺灣“恢復”了交通大學（即今新竹交通大學），已經(jīng)是亞洲知名學府。
交通大學在迎來解放曙光的同時，也迎來了史無前例的高校調(diào)整。解放時的王之卓校長被調(diào)往武漢測繪學院。解放后的負責人開始是李培南，再后是彭康，前者是二野軍隊南下干部，后者是研究馬克思主義的學者，也是共產(chǎn)黨干部。解放前后學?？傮w保持平穩(wěn)過渡，實力依然很強，繼續(xù)保持“北清華、南交大”的均衡局面。
到了一九五二年，由于中央實行對蘇聯(lián)一邊倒的政策，在教育上也采用蘇聯(lián)單科分類別大學模式，在全國范圍內(nèi)進行第一次校院大調(diào)整。在當時的幾所頂尖大學中，北京大學、清華大學由于位于首都，得于重點加強，從全國各大學抽調(diào)精英壯大實力，成為院校調(diào)整的受益者。
中央大學和浙江大學被拆成南大、南工、南醫(yī)、南農(nóng)、杭大、浙農(nóng)、浙醫(yī)等幾個學校，從此削弱。交通大學，則由具有相當規(guī)模的理、工、管理的多學科大學被拆成單一工科大學：理學院中的數(shù)學、物理、化學學科被調(diào)到復旦大學，化學系本部支援成立了華東化工學院；實力雄厚的土木建筑全部被調(diào)入同濟大學，帶走了俞調(diào)梅等一大批教授；獨具特色的管理學院的管理、會計、財務等系并入復旦大學和華東師范大學，部分支援成立了上海財經(jīng)大學；紡織系分離出去成立了中國紡織大學（即今東華大學）；水利系由嚴愷帶去成立華東水利學院（即今河海大學）；航空系分出成立了華東航空學院（1956年和國立西北工學院合并成立西北工業(yè)大學）；機電中的電子部分支持了南工（即今東南大學），55年機電本部基本全部支持建立了電子科技大學，剩余部分還支持成立了哈爾濱工業(yè)大學，帶走了一大批著名教授；此外還有部分院系分出去支援了上海海運學院(2004年更名為上海海事大學)等許多學校。
當然交大也從外面調(diào)入了一些工科力量，但除了造船得到同濟大學支援得到加強外，其它都是被撤掉的上海二流大學的專業(yè)并入。后來全國政協(xié)副主席、中國工程院院院長徐匡迪在上海交大211工程中預審中也指出“復旦是院校調(diào)整的最大受益者，而交大則是最大的受害者”。
1959年7月，國務院決定將交通大學西安、上海兩部分分離成為兩所學校，交通大學（西安部分）定名為西安交通大學，原交通大學校長彭康改任西安交通大學校長，交通大學（上海部分）定名為上海交通大學。
2015年7月8日，《QS金磚五國大學排名2015》發(fā)布，上海交通大學排名第六。2015年QS世界大學排名（2015/16）發(fā)布，上海交通大學排名第70位。 交通大學唐山學校一脈，則以唐山交通大學之名蜚聲中外。
西南交通大學曾多次更名，但人們耳熟能詳?shù)娜苑Q為“唐山交通大學”。1896年5月，中國第一所鐵路高等學府“山海關北洋鐵路官學堂”肇建，它就是后來蜚聲中外的唐山交通大學前身。1905年10月學校遷址唐山，定名為唐山路礦學堂。這所學校的創(chuàng)辦，使唐山與中國近現(xiàn)代交通史緊密聯(lián)系在一起，為唐山成為中國近代民族工業(yè)搖籃提供了人力資源保障。1912年9月，孫中山先生蒞臨該校視察，發(fā)表了“革命需要武裝、建設兩路大軍”的著名演說。唐山交大比照美國康乃爾大學模式辦學，1916屆畢業(yè)生茅以升在康乃爾大學的優(yōu)異考試成績，為所有唐山交大學子獲取了免試入學攻讀研究生的資格，從此唐山交大在國際聲名鵲起，被譽為“東方康乃爾”。1916年中華民國教育部在北京舉辦全國74所高等學校作業(yè)成績展覽評比，該校以94分的優(yōu)異成績榮獲全國第一名。12月，該校榮獲教育部優(yōu)等獎狀，授予“竢實揚華”匾額一方，自此“竢實揚華、自強不息”成為唐山交大精神，同時也成為唐山人文精神的寶貴歷史財富。1934年全國8個公費留美名額，除清華大學考取1名外，其余7名全部被唐山交大畢業(yè)生囊括。1937-1945年抗戰(zhàn)階段，先后在湖南湘潭及楊家灘、貴州平越、重慶等地復課。1946年，重歸故里--唐山。新中國成立后，毛澤東同志親筆題寫校名。50年代，該校提出并指導建成了中國第一條電氣化鐵路--寶成鐵路，先后參與設計建造了武漢、南京長江大橋，成渝、蘭新、成昆鐵路等重大工程項目。1972年該校遷至四川更名西南交通大學，在唐山設留守處（現(xiàn)光明南里唐山辦事處）。
唐山交通大學是培養(yǎng)中國近現(xiàn)代發(fā)展史名人的搖籃，其學子創(chuàng)造了上百項全國第一。學校英才輩出，先后培養(yǎng)出73名國內(nèi)外著名院士，其中中國科學院院士37名、中國工程院院士19名、中國科學院和中國工程院雙院士4名、中央研究院院士6名、美國國家工程院院士3名、英國皇家建筑學院院士2名、第三世界科學院院士2名，發(fā)展中國家科學院院士1名。茅以升、竺可楨、林同炎、楊杏佛、黃萬里等學生的名字足以讓其無比自豪。該校學生莊俊主持設計建造了清華學堂。
唐山交通大學是中國著名大學（研究院）的淵藪，孕育了多所親緣高校。1926年，唐山交通大學在遼寧錦縣建立分校，后獨立成為東北大學；1948年部分教授、專家?guī)椭M建了解放軍工程兵學院（現(xiàn)石家莊鐵道學院）；1950年3月，鐵道部鐵道技術研究所在該校成立，后遷至北京，現(xiàn)已成為鐵道部科學研究院。1952年下半年，唐山交通大學部分教授、專家支援組建中國科學院；建筑系、化學工程系調(diào)整到天津大學；礦冶系調(diào)整到新組建的北京鋼鐵學院（北京科技大學的前身）；采礦系調(diào)整到北京地質(zhì)學院（中國地質(zhì)大學的前身）和北京礦業(yè)學院（中國礦業(yè)大學的前身）；電信系調(diào)整到北京鐵道學院（北京交通大學）電機系電訊組調(diào)整到原哈爾濱鐵道學院；土木系水利組調(diào)整到清華大學，并部分支援了河海大學。1956年組建了唐山業(yè)余工學院（現(xiàn)唐山學院）；1958年組建了蘭州分校（現(xiàn)蘭州交通大學），同年，又與煤炭部、天津大學一起組建了唐山礦冶學院（現(xiàn)華北理工大學）。 交通大學北京學校一脈，則以北京交通大學之名揚中外。
清宣統(tǒng)元年（1909年），郵傳部司員曾鯤化提倡路政、培育鐵路管理人才，極力主張創(chuàng)辦鐵路管理學校。同年，尚書徐世昌創(chuàng)辦了“鐵路管理傳習所”，此為北京交通大學創(chuàng)校之始，為中國第一所管理學校。
1910年，為加強郵電事業(yè)，學校增設郵電班，并更名為“交通傳習所”，成為中國電信工程之始。
1912年，中華民國成立，學校改隸交通部，并變更校名為“交通部交通傳習所”。民國凡行車、管理，以及會計、材料人才，以交大北平成就為最多。
1923年，學校更名為“北京交通大學”。
北京交通大學是中國著名大學的淵源，孕育了多所親緣高校。1952年北京鐵道學院建筑系調(diào)整到天津大學，材料管理系調(diào)整到新組建的北京鋼鐵學院（北京科技大學前身），電信系調(diào)整到哈爾濱鐵道學院。1958年，北京交通大學電信系、運輸系、電機系部分師資遷入蘭州組建了蘭州鐵道學院（現(xiàn)蘭州交通大學），北京交通大學教授、當時中國鐵道運輸學科奠基人之一的林達美教授（留美學者）、中國著名有線通信專家孫祺蔭教授、著名無線電技術專家班冀超教授同時調(diào)入蘭州鐵道學院。