2008年初，俄方提出組建上海合作組織大學的構想。2008年10月23日在阿斯塔納簽訂了《上海合作組織成員國教育部關于為成立上海合作組織大學采取進一步一致行動的意向書》。 2009年上半年，成員國五方協商一致，共同確定區(qū)域學、生態(tài)學、能源學、IT技術和納米技術等五個專業(yè)為優(yōu)先合作方向，并按照基本的要求和標準遴選出了本國的項目院校，其中哈薩克10所、吉爾吉斯7所、中國10所、俄羅斯16所、塔吉克10所，共計53所。 2009年5月26日，“上海合作組織成員國第二屆‘教育無國界’教育周及首屆大學校長論壇”在莫斯科大學舉行，期間中外有關項目院校在莫斯科語言大學簽署了“上海合作組織成員國人文大學聯盟”協議及章程。 2010年4月26日，“上海合作組織成員國第三屆‘教育無國界’教育周”在莫斯科舉行，各成員國項目院校代表簽署了“上海合作組織大學多邊教育合作創(chuàng)新機構”備忘錄和紀要，協商了雙邊合作協議草案，確定了碩士研究生的培養(yǎng)方案、教學計劃和相關課程設置，一致同意于2010年下半年率先啟動“區(qū)域學”專業(yè)碩士研究生的招生程序。 2010年9月23日，第三次上海合作組織成員國教育部長會議通過,上海合作組織大學項目院校增至62所，其中哈薩克13所、吉爾吉斯8所、中國15所、俄羅斯16所、塔吉克10所。 2011年11月6-9日，第四屆上海合作組織成員國“教育無國界”教育周在俄羅斯首都莫斯科隆重開幕，中國教育部派出以于繼海副司長為團長、由上海合作組織大學中方15所項目院校代表組成的31人代表團與來自上海合作組織其他成員國47所項目院校的數百名代表共同參加了本屆教育周。本屆教育周最重要的成果是各成員國62所項目院校代表共同簽署了《上海合作組織大學章程》，這標志著上海合作組織大學在法律基礎上取得了重要的進展。在上海合作組織大學5個合作方向的分組討論會上，各項目院校代表簽署了會議紀要。就上海合作組織大學的工作開展及其運行的規(guī)范和法律基礎的建立問題，本屆教育周期間還召開了上海合作組織成員國教育合作專家工作組會議，并簽署了會議的最終文件。 2012年5月13-16日，由俄羅斯聯邦教科部主辦的第五屆上海合作組織成員國“教育無國界”教育周在俄羅斯首都莫斯科開幕，由教育部國際交流與合作司副司長于繼海為團長的23人代表團參加了在莫斯科舉行的上海合作組織成員國第五屆“教育無國界”教育周活動。參加會議的有來自中國、俄羅斯、哈薩克斯坦、吉爾吉斯斯坦、塔吉克斯坦等五個國家的教育部官員、上合組織大學各項目牽頭院校等70人。會上，各國代表就“各國教育主管部門在上合組織大學運行籌備方面的任務”進行了討論，分析了各國在上合組織大學籌備過程中所做的工作、面臨的困難和問題以及解決問題的相關措施，闡明了教育主管部門在上合組織大學運行和籌備過程中的任務。我國教育部國際交流與合作司副司長于繼海就中國在上合組織大學運行和籌備過程中的任務和問題進行了陳述：任命大連外國語大學校長孫玉華為中方項目院校校長委員會主席，并明確了中方各個專業(yè)方向的牽頭學校。各方向項目院校均召開一次以上的工作會議，2012年秋季部分方向可以啟動招生計劃。會議期間，上合組織成員國教育領域合作常設專家工作組召開了專門會議。會議就第四次上合組織成員國部長會議的日程及相關草案進行了磋商，同時根據人才培養(yǎng)需求，在原有納米技術、能源學、信息技術、生態(tài)學和區(qū)域學基礎上，增設經濟學和教育學方向。與此同時，還召開了上合組織大學校長委員會主席第一次會議。會議討論并通過了上合組織大學的管理機構、管理模式、畢業(yè)證書、定期召開校長會議等工作議題。 2012年6月21日，上海合作組織大學中方項目院校工作會議在大連外國語大學隆重召開，出席會議的有教育部國際司副司長于繼海、教育部歐亞處處長張曉東及中方18所項目院校及候補項目院校的受邀代表。會議通報上海合作組織大學中方校長的任命及成立上合組織大學中方校長辦公室的決定；通報莫斯科教育周及上海合作組織大學校長委員會主席第一次會議的情況。討論了上海合作組織大學有關文件草案；討論制定了工作機制、下半年工作任務和工作計劃等。各參會代表還就改革人才培養(yǎng)模式、拓寬合作領域、推進教師交流、加強語言培訓等問題展開熱議。 2012年10月7-12日，上海合作組織成員國第四屆教育部部長會議暨第二屆大學校長會議在吉爾吉斯坦共和國首都比什凱克舉行。哈薩克斯坦共和國教科部、中華人民共和國教育部、吉爾吉斯斯坦共和國教科部、俄羅斯聯邦教科部、塔吉克斯坦共和國教科部部長或副部長、上海合作組織秘書處副秘書長出席了會議。會上，各國教育部領導對上海合作組織教育領域合作成就給予了充分的肯定，教育合作推動了該地區(qū)在經濟、社會及文化領域的全面均衡的發(fā)展。特別是根據俄羅斯總統普京2007年提議成立的上海合作組織大學。會議通過并簽署了第四屆上海合作組織成員國教育部部長會議紀要。通過了新增項目院校名單及兩個新的專業(yè)。上海合作組織大學共有70所項目院校，7個專業(yè)方向，分別是區(qū)域學、能源學、生態(tài)學、納木技術、信息技術、教育學和經濟學。在中方校長的大力推動下，人才培養(yǎng)層次也將從單純的碩士研究生層面擴大至本科生層面。我國上海合作組織大學項目院校已擴大至20所。本次會議還提出上海合作組織大學框架下的合作將進一步擴大合作領域，以人才培養(yǎng)合作為基礎進行教授間合作和科研合作等，使上海合作組織大學項目院校間的合作變成教育、教學、科研等全方位的合作。上海合作組織成員國教育部長會議暨大學校長會議，進一步明確了上海合作組織大學的發(fā)展方向，討論并通過了系列法律文件，為上海合作組織大學進一步發(fā)展奠定了基礎。 2013年5月22-24日上海合作組織第六屆“無國界教育”教育周暨上海合作組織大學第三屆校長擴大會議在莫斯科舉行。參加教育周活動的有上海合作組織成員國教育部代表、上海合作組織大學各國項目院校的代表共100余人。我國參會代表有教育部國際合作與交流司領導以及中方上海合作組織大學7個方向的牽頭院校代表共13人。 大連外國語大學孫玉華校長作為上海合作組織大學中方校長委員會主席代表中國代表團在開幕式上作了題為《上合大學的發(fā)展前景和發(fā)展策略》的發(fā)言。她從碩士層面的人才培養(yǎng)狀況、本科層面的招生啟動工作、政府給予的政策支持、上海合作組織大學的工作機制和管理模式等方面介紹了中國上海合作組織大學的發(fā)展狀況。強調了上海合作組織大學國內項目院校之間加強合作對上海合作組織大學發(fā)展的重要意義。根據中方教育體系特點及上海合作組織大學發(fā)展規(guī)劃，上海合作組織大學中方項目院校將在較長一段時期內保持現有數量不變，注重內涵建設，完善運行機制。為進一步加強上海合作組織大學發(fā)展戰(zhàn)略研究，中方成立了上海合作組織大學研究中心，負責上海合作組織大學發(fā)展戰(zhàn)略的調研、分析，提供合理化建議等研究性工作。為實現項目院校之間的資源共享和信息溝通，中方建了上海合作組織大學（中國）網站，進一步強化了上海合作組織大學各項目院校之間的聯系。會議期間，上海合作組織大學各方向項目院校分別召開了專家工作會議，就本方向項目院校間國際合作的具體事宜進行磋商，并就聯合培養(yǎng)碩士研究生的具體操作流程達成共識。上海合作組織大學校長擴大會議，討論修改了上海合作組織大學的部分文件，簽署了上海合作組織大學區(qū)域學、生態(tài)學、能源學、信息技術和納米技術等5個方向的框架合作協議。 2013年6月14日，第二屆上海合作組織大學中方項目院校工作會議暨校辦工作會議在大連外國語大學召開，教育部國際交流與合作司副司長于繼海、上合大學中方校長委員會主席、大連外國語大學校長孫玉華、副校長劉宏以及20所上合大學中方項目院校負責人近30人出席會議。本次會議主要議程包括上合大學研究中心及上合大學基地正式揭牌，項目院校負責人交流發(fā)言，上合大學中方校辦工作匯報，以及上合大學研究中心擴大會議等。教育部于繼海副司長和孫玉華校長共同為上合大學研究中心及上合大學基地揭牌。開幕式后，來自吉林大學、蘭州大學、華北電力大學、首都師范大學、瓊州學院的中方項目院校負責人從各自的專業(yè)方向出發(fā)，對上合大學未來發(fā)展的思路和方向進行了交流發(fā)言，上合大學中方校長辦公室主任任雪梅就校辦工作做了匯報，并就工作中的出現的具體問題進行了詳細的說明。之后，各中方項目院校圍繞上合大學工作機制、招生、派出、存在問題等進行了自由討論。當日下午，上合大學研究中心擴大會議召開。會議圍繞上合大學研究中心任務及工作機制等重要問題展開了討論，為推動上合大學朝著健康、有序、可持續(xù)發(fā)展打下了重要的基礎 。